באוגוסט 1999
מלחמת צ'צ'ניה השנייה
על מנת לחזק את סמכותו פוטין מתחיל את מנהיגותו במלחמת צ'צ'ניה השנייה. למעשה, צ'צ'ניה הייתה עצמאית מרוסיה בין השנים 1996 ו-1999.
עם זאת, המדינה חוותה קושי כלכלי ופוליטי גדלות הקשורות להשפעת המלחמה והמשבר הכלכלי לאחר המלחמה. ברפובליקה פעלו ארגונים צבאים רבות שאינן בשליטת הממשלה. אחד מהם מתחיל בפעולות בדאגסטן באוגוסט 1999. המהומה מדוכאת, אך הפיקוד הרוסי משתמש בה כתירוץ ופותח במערכה צבאית שנייה נגד איצ'קריה, שתהיה קשה ושותת דם לא פחות מהראשונה.
מעגלים פוליטיים רבים ברוסיה, במיוחד הצבאיים, מביעים חוסר שביעות רצון מתוצאות הסכמי החסוויורט, מאמינים ש"הנושא הצ'צ'ני" לא נפתר, אלא רק נדחה. הם חוששים שצ'צ'ניה תהווה דוגמה לאוטונומיות לאומיות אחרות ולאנשים שסופחו באופן היסטורי בכוח על ידי רוסיה. ההנהגה הפוליטית של רוסיה, ומעל לכל, ולדימיר פוטין, שהקמפיין שלו התבסס על "מבצע נגד טרור" בצ'צ'ניה, מצדיקים את פעולות הצבא.
ה"מבצע" תמשך ל 10 שנים.
"כדי להחזיר את הסדר החוקתי", הפיקוד הרוסי משתמש בטקטיקות "אדמה חרוכה", והורס לא רק את העמדות המבוצרות של המורדים הצ'צ'נים, אלא ערים וכפרים, מונומנטים היסטוריים ודתיים של העם הצ'צ'ני, במיוחד באזור ההרים של איצ'קריה. פעולותיהן של יחידות רוסיות בצ'צ'ניה גורמות לחוסר הסכמה גוברת מהקהילה העולמית. ארה"ב והאיחוד האירופי פתחו ביקורת קשה על מדיניות רוסיה בצ'צ'ניה, האשימו את מוסקבה בהפרת זכויות בינלאומיות וקראו לפתרון מדיני למשבר. ממש כמו בשנים קודמות, רוסיה חווה גל של פעולות טרור. באוגוסט 2000 נשמע פיצוץ במעבר חצייה תת קרקעי ליד כיכר פושקין במוסקבה, נהרגו 8 בני אדם ונפצעו כ-200. למרות שלא נמצאו מארגנים, החברה מאשימה את המחבלים הצ'צ'נים. באוקטובר 2002 התרחשה טרגדיה במרכז התיאטרון בדוברובקה, שם מתרחשת ההצגה "נורד-אוסט". הרשויות לא מנהלות משא ומתן עם מחבלים, ויותר מ-100 בני אדם נהרגים במהלך המבצע. ב-1 בספטמבר 2004, מחבלים צ'צ'נים תקפו בית ספר בבסלאן, והרגו יותר מ-300 בני אדם במהלך תקיפה של כוחות הממשלה. ואז החיילים הפדרליים מחסלים את מפקדי הצ'צ'נים המשפיעים ביותר, מסחדוב ובסייב. זה מאפשר להגיע לייצוב יחסי של המצב בצפון הקווקז. בשנת 2007, לפי דרישתו של פוטין, נבחר ראמזאן קדירוב, בנו של המופתי אחמד קדירוב, שנהרג ב-2004, לנשיא הרפובליקה הצ'צ'נית. הנהגת הרפובליקה, הנאמנה למוסקבה, פועלת כי נגד בשרידי לוחמים האסלאמיים ובינה מחדש את הרפובליקה, תוך שימוש בהזרקות נדיבות מהתקציב הפדרלי.
התוצאה: ניצחון הפדרציה הרוסית, סיום הסכמי חאסויורט (על קביעת מעמדה של הרפובליקה הצ'צ'נית של איצ'קריה), הכרזת הרפובליקה הצ'צ'נית של איצ'ריה כארגון טרור והשמדתה על ידי הכוחות צבאיות הרוסים.